돈암서원은 원래 조선 인조 12년(1634) 이곳에서 1.5km 떨어진 숲말에 세워졌었다. 현종원년(1660)에 사액서원이 되었으나 지대가 낮아 홍수 때에는 물이 뜰까지 넘쳐 들어오곤 했다. 비로소 고종 17년(1880) 현재의 자리인 임리 74번지(서원말)로 이전했다. 고종 3년(1865) 서원철폐령에서도 제외된 서원이었다.