종학당은 1625년 인평대군사부 동토 윤순거(파평윤씨 24세)가 사저(현 병사)에 자녀질의 교육을 위해 세운 사설 교육기관이다. 1628년 현 기지에 백록당과 정수루를 창건하고, 대소 과거 준비생 및 석학들의 학문 연구와 기호학파 유림들의 학문 교류 중신 도장 역할을 하였다. 1665년 동토 윤순거는 명재 윤증을 초대 사장에 임명하고, 명재는 1682년에 교육과정 및 학교인 '초학획일지도'와 후에 '위학지방도'를 제정하여 운영하였다. 1829년 종학당을 현 위치로 이건하여 상급과정의 백록당 및 정수루와 초학과정의 종학당을 연계하여 종학을 통합·운영하여 왔다. 1910년 국치 후 일제의 강압에 의해 상급과정은 폐쇄되고, 초학만 유지되다 1919년 그마저도 폐문되었다. 2001년 종중 결의에 의해 종학당, 백록당, 정수루, 보인당 등 그 일원을 총칭하여 '종학원'으로 명명하였다. 창건 후 280여 년에 걸쳐 42명의 문과 급제자와 31명의 무과 급제자 그리고 수많은 생진과 및 석학을 배출한 곳이다.