보덕사는 남연군 묘로 가기 전 약 2km 지점의 오른편 산 위에 위치한다. 남연군 묘 주변은 가야사라는 절이 있던 곳인데, 그중에서도 묘가 있는 자리가 이 절의 중심지이자 탑이 있었던 곳이다.
부친의 묘를 경기도 연천 남송정에서 옮기기 위해 가야사를 불태워 버린 죄책감으로 대원군은 아들 고종이 즉위하자 가야사의 동쪽 산중턱에 새 절을 창건하였다. 이 절의 이름을 '부처님께 속죄한다'는 뜻으로 보덕사라고 하였다.