고운식물원은 1990년 부지조성을 시작으로 1997년 식물원 조성인가 후 2003년 4월 28일 개원까지 다양한 식물구입 및 식재작업을 통해 만들어졌다. 일반인을 위한 자연학습장, 식물 유전자원 보존 기능수행, 전공학생들을 위한 실습장 기능, 조경인들의 실무교육장 역할 담당 등을 목적으로 약 12년간의 준비과정을 거쳐 완공되었다.

식물원 규모는 20ha(약 60,400평) 정도이고 교육실습장이 10ha(3만 명) 정도이다. 희귀 및 멸종위기 식물인 미선나무(목본), 가시연꽃(초본) 외 15종을 보유하고 있으며, 총 4,500여 종의 식물 유전자원을 보유하고 있다.
또한, 고운시굴원에서는 전문인과 일반인을 위한 교육 프로그램 개발과 초,중,고교생을 위한 자연 학습장 설치 등의 프로그램을 운영하고 있다.

※ 초본류 - 2,000여 종 / 목본류 - 1,300여 종 / 도입식물종 - 1800여 종 / 미확인종 - 1,000여 종

고운식물원의 다양한 학습장
언덕이 끝나는 길 우측 직원숙소 앞에 위치하고 있는 무늬원은 자연적인 상태에서 식물에 잎이나 꽃에 무늬가 들어가는 종을 수집 전시하는 공간입니다. 붓꽃원은 이른 봄 피어나는 꽃 봉오리가 옛날 선비들이 쓰던 붓을 닮았다하여 붓꽃이라 불리어 왔다는 붓꽃을 만날 수 있는 공간이다. 이외에 야생화와 조각이 어우러진 야생화원 및 조각공원과 수련과 홍령, 백연 등 150여 종의 연꽃이 전시되어 있는 수련원, 작약 · 모란원 등이 있다.