문헌서원은 고려 말 충신인 목은 이색 선생과 가정 이곡선생의 학문적 업적과 덕행을 추모하기 위해 조선 선조 27년에 세운 서원이다. 문헌서원은 위패를 모신 사우와 목은 이색의 영당을 비롯해 유림들이 모여 학문을 토론하던 진수당, 6칸 규모의 2층 누각식 강당, 제기를 보관하는 전사청, 관리인 숙소인 수호사, 내·외삼문, 재실, 이색 신도, 이종덕 효행비 등으로 구성되어 있다.

여섯분의 위패를 모시고 매년 음력 3월과 9월에 제사를 올리고 있는 문헌서원은 서원일원 중 이색영당의 후면 아름드리 백일홍이 볼만하다. 꽃이 만개하는 8월엔 백일홍 꽃이 영당의 지붕위로 부채살처럼 펼쳐져 자연과 아름답게 어우러진 우리 전통건축의 자연미를 감상할 수 있다. 사철 언제든 들려보기에 좋은 곳이니 전통 역사와 함께 선인들의 숭고한 얼까지 간접 체험해보는 것도 좋다.

서원은 선현(先賢)과 향현(鄕賢)을 제향(祭享)하는 사우(祠宇)와 청소년을 교육하는 서재(書齋)를 아울러 갖추게 되었는데, 초기의 서원은 인재를 키우고 선현·향현을 제사지내며 유교적 향촌 질서를 유지, 시정(時政)을 비판하는 사림(士林)의 공론(公論)을 형성하는 구실을 하는 등 긍정적인 기능을 발휘하였으며, 조선시대 교육기관인 향교가 공교육기관이라면, 서원은 사설교육기관의 성격이 강하다.
문헌서원은 선조 27년(1594)에 세웠으나, 임진왜란 때 불타버렸다가, 그 뒤 광해군 2년(1610)에 한산고촌으로 옮겨 다시 세운 서원이다. 그 이듬해에 나라에서 문헌이라는 현판을 받아 사액서원이 되고 인재 이종학·음애 이자·배옥헌 이개 등을 추가로 모시게 되었다. 고종 8년(1871)에는 흥선대원군의 서원철폐령으로 폐쇄되었으나, 그 후에도 처음 문헌서원이 있던 곳에 단(壇)을 만들고 분향해 오다가 1969년 지금 있는 자리에 다시 짓고 2012년 현재 다시지어 서원의 맥을 잇고 있다.

문헌서원의 인근 관광지로는 명품 천연섬유 한산모시의 이모저모를 살펴볼 수 있는 한산모시마을과 영화JSA 촬영지인 신성리갈대밭이 있다. 문화유산으로는 독립운동가 이상재선생 생가와 기념관(시도기념물 제48호), 이색신도비와, 묘소, 영정이 봉안 되있는 문헌서원(문화재자료 제125호), 백제유민 최후의 항거지 건지산성(사적 제60호), 아담한 절집 봉서사 등이 있다.